天平１２年（７４０）、藤原広嗣が大宰府で反乱を起こしたので、橘諸兄は政局の打開策として、恭仁（くに）京への遷都を断行しました。そして翌年の天平１３年（７４１）、この新京で国分寺建立の詔（みことのり）が発せられたのです。連年の不作と疫病の流行による社会不安、広嗣の乱による政治的動揺を、仏教の、ことに金光明最勝王経に説く四天王による国土擁護の思想で収束しようと図ったのです
国分寺は中国の諸州官寺制をまねた寺院制度で、唐の仏教を移植しようとする意欲の強かった者が献策したと考えられています。玄昉が発願した写経の奥書に「聖法の盛なること、天地と与（とも）にして永く流（つた）え、擁護の恩、幽明に被（こうむ）りて恒に満さしむ」とある一句が、国分寺建立の勅にも同文で見えるので、国分寺制の献策者は玄昉であったと推測されます。
ところで、恭仁宮の造作がいまだ完了せざるうちに、聖武天皇は近江に紫香楽（しがらき）宮を造ってしばしば行幸し、その一方で摂津の難波を皇都に定めるなど、宮都を転々とした〈彷徨〉の数年を経たのち、天平１７年（７４５）に平城京へ還都しました。この間、政権を掌握する橘諸兄を脅かすごとく藤原仲麻呂が台頭し、玄昉の立場は微妙になってきます。
天平１５年（７４３）の盧舎那（るしゃな）大仏造立の詔が出されました、これまた玄昉の献策だったと思いますが、大仏造立の勧募の役に、当時民間で布教していた行基が登用されるや、玄昉の演じる場面は暗転しました。諸兄によって僧綱の印を召し上げられ、僧綱首座の玄昉は権限を制約され、天平１７年の行基の大僧正任命は、玄昉にとって不快な人事であったに違いありません。行基を起用した人物がだれであれ、その意図が何であれ、僧正の上に位置する大僧正の存在が、玄昉を抑える働きをなしたことだけは確かです。
平城還都の後、玄昉は、かれを信奉していた聖武天皇・光明皇后とも、かれの献策を入れていた諸兄とも、次第に懸隔の状況に追い込まれていったと推測されます。そしてこの年の１１月、ついに都から追放、筑紫の観世音寺に移されて、翌年の天平１８年６月、失意のうちに「流罪地」で死去しました。
「世相伝えて云う、藤原広嗣の霊の為に害せらると」。正史の『続日本紀』がこのように書き留めたのは、貴族社会の陰湿な風土を表しています。玄昉が僧侶の身でありながら、政治抗争の渦中に身を置いたのは、非難されても致し方ないが、かれが仏教を核とする天平文化を開花させた役割は看過できないと思われます。
